Gedurende de eerste fase zijn belangrijke stappen richting een beheersbare Medische Collectie Nederland gezet. Om de voorgenomen afstemmings- en conserveringsoperaties te kunnen afronden zijn de interuniversitaire medische projecten verlengd en verbreed door middel van een vervolgfase.

Daar de verschillende plaatselijke projecten synchroon verlopen is bovendien veelvuldig sprake van uitwisseling van kennis en ervaring. Een aantal projecten waarbij landelijke samenwerking een grote rol speelt wordt inmiddels dan ook financiëel ondersteund.

Zo vormen de zogenaamde Niasmaskers, die zowel in de collectie van het Universiteitsmuseum Utrecht als die van Museum Vrolik te Amsterdam voorkomen, onderwerp van een landelijk project. Hetzelfde geldt voor de documentatiecollecties, die in alle medische collecties voorkomen.

Ook wordt gehoopt de resultaten van de lopende medische projecten veilig te stellen middels een interuniversitair medisch collectiebeleid, dat in de loop van 2005 ontwikkeld zou moeten worden.